با پیروزی انقلاب اسلامی مرجعیت شیعی جان دوباره ای گرفت و با توجه به که این در رأس حکومت، یک فقیه عالم و عادل قرار دارد رابطه ی صمیمانه ی بین مرجعیت و رهبری انقلاب همیشه مورد هجوم رسانه های ضد نظام بوده است.
به
گزارش پایگاه 598 یکی از مراجع به نام در عصر معاصر مرحوم آیت الله بهجت
بودند که با توجه به عدم حضور وی در بسیاری از عرصه های اجتماعی همیشه
شایعاتی مبنی بر عدم ارتباط مناسب ایشان با نظام مقدس جمهوری اسلامی و شخص
مقام معظم رهبری از سوی بدخواهان نظام اسلامی انتشار می یافت.
اما سخنان این مرجع بزرگ شیعه در خصوص رهبر انقلاب و همچنین تصاویر منتشر نشده از دیدار ایشان با مقام معظم رهبری حکایت از ارتباط مستمر این بزرگوارن داشت.
فرزند آیتالله العظمی بهجت با اشاره به همزمانی روزهای پایانی عمر پدر بزرگوارشان با سفر رهبر انقلاب به استان کردستان، در بیان حالت روحی ایشان، به حساسیت این مرجع تقلید نسبت به سلامت رهبری اشاره میکند و میگوید: این موضوع سبب شد تا مظعمله برای سلامتی رهبر انقلاب چندین ختم ویژه صلوات و ذکر را گرفتند و مداومت بر این ختمها که برای سلامتی رهبر انقلاب بوده است تا آخرین ساعت عمر حضرت آیتالله بهجت ادامه داشته است